Inicialmente el FPMR fue el aparato militar oficial del Partido Comunista de Chile (PCCh) en la resistencia armada contra el Gobierno del General Augusto Pinochet, dentro de la política de rebelión popular de masas impulsada por el PCCh.
Tras el Golpe de Estado que derrocó al Presidente Salvador Allende (el 11 de septiembre de 1973), el Partido Comunista de Chile entró en un proceso de crítica interna por la carencia de una política militar. Lo anterior llevó a una revisión de la acción política del PCCh en esta nueva etapa. Contando con apoyo logístico y económico de países como Cuba, la Unión Soviética y Alemania Oriental (y trabajando tanto desde el exilio como dentro del país), los comunistas lograron mantenerse unidos para intentar volver a los tiempos del "poder popular".
En vista de lo anterior, los comunistas chilenos concluyeron que la vía armada era una opción legítima a la hora de acabar con el Régimen Militar. Así, en 1974 surge la idea de crear el Frente Patriótico Manuel Rodríguez, que se convertiría en el brazo armado del PCCh.
En septiembre de 1980, el secretario general del PCCh Luis Corvalán afirmó en Radio Moscú que la rebelión popular contra la tiranía de Pinochet es legítima, anunciando así que su organización justificaba la lucha armada para terminar con la dictadura militar. De ese modo, marcó el inicio formal de la perspectiva insurreccional o Política de Rebelión Popular de Masas que dio origen al FPMR.
Tras un largo período de instrucción guerrillera y política en Cuba y otros países de Centroamérica, el FPMR comenzó su ola de acciones armadas. Así, el más poderoso grupo guerrillero chileno del siglo XX inició sus actividades el 14 de diciembre de 1983, con un apagón que afectó a la zona central de Chile.
El objetivo inicial del FPMR era derrocar a Augusto Pinochet, inaugurando modalidades de guerrilla sistemática desconocidas en la historia chilena. Además, contaba con una rígida estructura organizacional compuesta por colaboradores, ayudistas, militantes, jefes de destacamento, jefes zonales y comandantes, la mayoría de ellos cuadros selectos de las Juventudes Comunistas de Chile e hijos de militantes de izquierda en el exilio.
De entre estos surgió su líder, el joven ingeniero Raúl Pellegrín Friedmann, quien luego de ingresar clandestinamente a Chile a mediados de 1983, se convirtió en el principal cerebro político y militar de la organización adoptando el nombre de "comandante José Miguel".
La primera acción de espectacularidad del FPMR fue el secuestro del periodista de derecha y subdirector del diario La Nación Sebastiano Bertolone Galletti.
Entre diciembre de 1983 y octubre de 1984, el FPMR ejecutó 1.889 acciones desestabilizadoras, algunas de ellas con envergadura muy superior a las que hasta entonces había realizado la militancia comunista. En total, este grupo armado realizó 1.138 atentados con explosivos, 229 sabotajes, 163 asaltos a mano armada, 36 atentados selectivos y 47 sabotajes mayores.
En años posteriores, el FPMR estrenaría prácticas desconocidas hasta ese entonces en Chile, patentando los rescates armados y las bombas accionadas a distancia.
Recién a mediados de 1985, el FPMR estuvo en condiciones de operar a un ciento por ciento de su capacidad. La llegada de varias oleadas de combatientes formados en el extranjero permitió contar con casi medio millar de hombres, que continuaron ejecutando sus acciones.
El FPMR tuvo como principal objetivo derrocar a la dictadura militar. El enemigo número uno era Augusto Pinochet Ugarte, que era "el" objetivo a eliminar para lograr la victoria final. Así, el FPMR actuó como entidad autónoma del comunismo chileno, mientras que el partido seguía luchando políticamente contra Pinochet.
Esta autonomía permitió que el FPMR lograra financiamiento propio y vínculos directos con Cuba, lo que le permitió llegar a 1986 en inmejorables condiciones para actuar con más fuerza que nunca. Según el cronograma establecido por el Frente, ese era el año decisivo en la lucha contra el régimen militar chileno, pues mediante complejas operaciones se conseguiría el triunfo sobre el gobierno de Pinochet,
En mayo de 1986, el FPMR llevó a cabo la internación de armas de Carrizal Bajo. En ella hombres de las Tropas Especiales Cubanas entregaron en alta mar la primera de tres partidas de armas enviadas por el gobierno de Fidel Castro y destinadas al FPMR, que formaría parte de la más grande internación ilegal de armas en la historia de Chile. En la nortina caleta chilena de Carrizal Bajo, se almacenaron armas por un costo de 30 millones de dólares y con un total de ochenta toneladas de material bélico. 
No obstante la gran cantidad de material ingresado, una cadena de errores llevaron a las fuerzas de seguridad del gobierno de Pinochet a descubrir el 90 por ciento de las armas desembarcadas, a comienzos de agosto de 1986., luego en septiembre se da inicio a la Operacion Siglo XX.
La acción decisiva de 1986, que decidiría el triunfo o el fracaso del FPMR en su lucha armada, comenzó a planificarse desde fines de 1984. Por ese entonces, se pensaba que factores como el desgaste del gobierno de Pinochet y el creciente desarrollo del FPMR harían posible una operación exitosa. Así, en mayo de ese año se optó por la más audaz de las opciones: emboscar la comitiva de Pinochet.
La Operación Siglo XX se desarrolló el 7 de septiembre, con armas internadas por Carrizal Bajo que alcanzaron a distribuirse antes de que la Central Nacional de Informaciones (CNI) las descubriera. Ese día, y mientras Pinochet se dirigía desde su residencia de descanso en El Melocotón hacia Santiago, el Frente Patriótico Manuel Rodríguez atacó su comitiva. La operación fue comandada por José Joaquín Valenzuela Levi, el "comandante Ernesto" (Bernardo para la operación) y Cecilia Magni, la "comandante Tamara", quienes se dividieron en dos funciones: Bernardo en el area de combate y "Tamara" en la logística, abastecimiento y planificación.
La comitiva -compuesta por tres vehículos de seguridad, dos motos de Carabineros de Chile y dos automóviles Mercedes-Benz blindados- fue atacada por una veintena de frentistas armados con fusiles M16 y lanzacohetes LAW. Sin embargo, Pinochet (que viajaba en uno de los automóviles blindados) sobrevivió al atentado, producto de fallas operativas de los frentistas y gracias a la pericia del chofer presidencial, quien logró escapar de la emboscada con el General y su nieto Rodrigo García Pinochet.
En el ataque murieron cinco escoltas presidenciales, y Augusto Pinochet sólo sufrió heridas en una de sus manos. Las investigaciones posteriores a la operación frentista demostraron que Pinochet sobrevivió producto de una falla en el cohete LAW que impactó su automóvil, además de la gran pericia del chofer presidencial.
La investigación posterior reveló grandes errores cometidos por la CNI que facilitó el escape del lugar a los frentistas. Además, a pesar de lo intenso de la investigación, el fiscal militar Torres Silva jamás supo quien fue el comandante del atentado a pesar de los interrogatorios bajo tortura a los que fueron sometidos los pocos detenidos, atribuyendo el atentado a César Bunster quien en el atentado sólo facilitó su identidad para el arriendo de los inmuebles y automóviles de la operación.
Hasta el día de hoy no se encuentra ningún detenido por el atentado, ya que algunos de los pocos que se pudieron encarcelar se escaparon en la fuga masiva de la cárcel pública de 1990. Otros fueron indultados por el presidente Patricio Aylwin en 1994.
El fracaso de la internación de armas de Carrizal Bajo y de la Operación Siglo XX fue el detonante del distanciamiento del FPMR con el PCCh, que sin embargo expresaban ya diferencias estratégicas. Además, la persecución de los organismos de seguridad sobre el grupo terminó con la vida de importantes miembros, como es el caso de la denominada Operación Albania, hechos que mermaron el poder logístico del Frente.
En 1987 el FPMR se desvinculó definitivamente del Partido Comunista, transformándose en una organización autónoma. El FPMR se encargó de llevar a cabo nuevas operaciones en contra de altos personeros del Régimen Militar, como el secuestro de Carlos Carreño, coronel de ejército perteneciente a FAMAE, en septiembre de 1987, o el fallido atentado contra el fiscal Fernando Torres Silva, en mayo de 1988. Además realizaron el lanzamiento de la llamada Guerra Patriótica Nacional, instancia en la que el grupo pretendía lograr la sublevación de las masas de ciudadanos en contra del régimen de Pinochet.
En el lanzamiento de ésta -en octubre de 1988-, el líder del grupo, Raúl Pellegrín Friedmann, perdió la vida tras la toma del poblado de Los Queñes, en la Séptima Región. Su muerte, sumada a la de Cecilia Magni que le acompañaba, significaron un duro revés para los militantes que integraban el Frente Autónomo. Su reemplazo al mando del FPMR fue asumido por Galvarino Apablaza Guerra, el "comandante Salvador", quien fue secundado en la comandancia por Juan Gutiérrez Fischmann y Mauricio Hernández Norambuena.
Con la llegada de la democracia a Chile en marzo de 1990, el FPMR redujo la intensidad de sus acciones. Luego de la ejecución del senador ultraderechista Jaime Guzmán Errázuriz (1 de abril de 1991) y del secuestro de Cristián Edwards -hijo del empresario ligado a la CIA Agustín Edwards, propietario del diario El Mercurio- (9 de septiembre de 1991), cesó sus operaciones militares hasta 1996.
El 30 de diciembre de ese año, en una espectacular operación que incluyó el uso de un helicóptero, el FPMR logró la fuga de Ricardo Palma Salamanca, Pablo Muñoz Hoffmann, Mauricio Hernández Norambuena y Patricio Ortiz Montenegro, frentistas que se encontraban recluidos en la Cárcel de Alta Seguridad de Santiago de Chile acusados de diversas acciones militares. En esa ocasión, el comando de rescate liderado por Raúl Escobar Poblete utilizó fusiles M-16 ingresados en 1986 por Carrizal Bajo.
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